6.3 Compilare la presentazione R-markdown

Ma dove si trova questo magico documento che include il testo e l’output prodotto dal codice R? Ottima domanda. Siamo stati abituati ai programmi di videoscrittura (come Microsoft Word) che si conformano al cosiddetto stile “WYSIWYG” (What You See Is What You Get) – cioè, si vede come apparirà il documento stampato mentre lo si digita. Questo può avere alcuni vantaggi ma può anche essere molto limitante. R-Markdown, d’altra parte, funziona in modo diverso. Ovvero, deve essere “compilato” (knitted) per passare dal file sorgente al documento formattato. In RStudio, tale operazione è semplice: c’è un pulsante in alto a sinistra nel pannello di scripting di un documento .Rmd. È sufficiente selezionare tale pulsante e il nostro documento verrà creato.

È importante notare che il codice del documento deve essere autonomo. Ciò significa che tutto ciò che vogliamo che venga eseguito deve essere incluso nel documento, indipendentemente da ciò che era già stato eseguito al di fuori di esso. Ad esempio, è perfettamente legittimo (e anche molto utile) testare il codice R al di fuori del documento Rmd. Tuttavia, quando compiliamo il documento Rmd, tutto ciò che è stato fatto al di fuori del documento Rmd viene dimenticato. Ciò consente di creare un documento autosufficiente che favorisce la riproducibilità dei metodi di analisi dei dati: utilizzando uno specifico documento Rmd con un campione di dati si giunge sempre allo stesso risultato e alla stessa interpretazione. Ciò non è invece vero se si utilizza un software con un interfaccia point-and-click.