Appendice J — Come installare CmdStan

• Assicurati di aver installato l’ultima versione di R. Se non lo hai già fatto, scarica e installa la versione più recente seguendo le istruzioni disponibili su https://www.r-project.org/.

• CmdStanR è un’interfaccia leggera per utilizzare Stan con R.

• Installa il pacchetto cmdstanr seguendo le istruzioni disponibili nella guida Getting Started with CmdStanR.

• Verifica che il tuo toolchain (gli strumenti di compilazione necessari) sia configurato correttamente eseguendo:

check_cmdstan_toolchain()

Su macOS e Linux, questa configurazione dovrebbe essere già pronta di default.

• Procedi con l’installazione di CmdStan utilizzando il comando seguente (specificando il numero di core da utilizzare per la compilazione, ad esempio cores = 2):

install_cmdstan(cores = 2)

J.1 Windows

Su Windows è necessario installare RTools e configurare PATH:

1. Installazione di RTools:

   • Vai su https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/
   • Scarica la versione di RTools compatibile con la tua versione di R (Generalmente, RTools 4.3 per R 4.3.x, RTools 4.2 per R 4.2.x, etc.)
   • Esegui l’installer scaricato
   • IMPORTANTE: Durante l’installazione, seleziona la casella “Add rtools to system PATH”

2. Verifica dell’installazione e configurazione del PATH:

   • Apri PowerShell o Command Prompt
   • Verifica se RTools è nel PATH digitando:

   gcc --version

   Se vedi la versione di gcc, RTools è nel PATH.

3. Se RTools non è nel PATH, devi aggiungerlo manualmente:

   • Cerca “Impostazioni di Sistema” in Windows

   • Clicca su “Impostazioni di sistema avanzate”

   • Clicca su “Variabili d’ambiente”

   • Nella sezione “Variabili di sistema”, trova “Path”

   • Clicca “Modifica”

   • Clicca “Nuovo” e aggiungi questi percorsi (sostituisci X.X con la tua versione di RTools):

     C:\rtools4X\mingw64\bin
     C:\rtools4X\usr\bin

4. Verifica finale:

   • Chiudi e riapri il terminale
   • Prova questi comandi:

   gcc --version
   make --version

   Se entrambi i comandi mostrano le versioni, l’installazione è completa.

5. Test in R:

   • Apri R o RStudio
   • Esegui:

   Sys.which("make")

   Dovrebbe mostrare il percorso di make.

Problemi comuni:

• Se i comandi non vengono riconosciuti dopo aver aggiunto il PATH, prova a riavviare il computer.
• Se usi RStudio, potrebbe essere necessario riavviarlo dopo aver modificato il PATH.